Ngày 25 tháng 7 năm 1975, Quân ủy Trung ương họp tại Đà Lạt đã ra nghị quyết về việc thành lập Học viện Quân sự Cao cấp. Chấp hành Nghị quyết của Quân ủy Trung ương, ngày 21 tháng 2 năm 1976, Bộ Quốc phòng đã ra Quyết định số 38/QĐ-BQP thành lập Học viện Quân sự Cao cấp do Thượng tướng Hoàng Văn Thái, Thứ trưởng ký.[2]

Ngày 25 tháng 2 năm 1976, Tổng Tham mưu trưởng ra Quyết định số 28/QĐ-TM lâm thời quy định về cơ cấu tổ chức, biên chế Học viện Quân sự Cao cấp gồm 6 cơ quan và 16 khoa giảng viên với quân số 234 người. Ngày 24 tháng 5 năm 1976, Liên chi ủy cơ quan đã họp ra nghị quyết lãnh đạo việc kiện toàn biên chế tổ chức của Học viện. Ngày 25 tháng 6 năm 1976, Tổng Tham mưu trưởng ra Quyết định số 146/QĐ-TM ban hành biên chế chính thức cho Học viện Quân sự Cao cấp gồm Ban Giám đốc, 6 cơ quan, 16 khoa giảng viên, bổ sung các khung Học viên, tổng biên chế 400 người.[3]

Để hoàn chỉnh hệ thống tổ chức đảng ngang tầm với nhiệm vụ, ngày 16 tháng 10 năm 1976, Quân ủy Trung ương ra Quyết định số 55/QĐ-QUTW thành lập Đảng ủy Học viện Quân sự Cao cấp đặt dưới sự lãnh đạo của Quân ủy Trung ương. Ngày 20 tháng 10 năm 1976, Đảng ủy Học viện tiến hành hội nghị đầu tiên dưới sự chủ trì của đồng chí Lê Trọng Tấn, Bí thư Đảng ủy, ra nghị quyết lãnh đạo xây dựng Học viện và tích cực chuẩn bị mọi mặt cho khóa học đầu tiên theo quyết định của Bộ Quốc phòng.

Ngày 3 tháng 1 năm 1977, Học viện Quân sự Cao cấp đã tổ chức trọng thể Lễ khai giảng khóa đầu tiên gồm 94 học viên. Đây là khóa học bổ túc cán bộ cao cấp toàn quân đầu tiên trong 10 tháng. Ngày 20 tháng 10 năm 1977, Viện trưởng Học viện Quân sự Cao cấp ra quyết định thành lập lớp nghiên cứu sinh tại Học viện và tổ chức thành nhiều đợt.[4]

Ngày 20 tháng 2 năm 1978, Học viện tổ chức trọng thể Lễ Khai giảng khóa 2, có 121 học viên trong đó có 9 đồng chí là Thiếu tướng.Tháng 8 năm 1978, để tiếp tục kiện toàn tổ chức các học viện, viện nghiên cứu, Thường vụ Quân ủy Trung ương ra Quyết định số 297/QĐ-QUTW hợp nhất Học viện Quân sự Cao cấp và Viện Khoa học quân sự.[5] Ngày 15 tháng 9 năm 1978, Học viện tổ chức trọng thể Lễ Khai giảng khóa 1, với mục tiêu đào tạo Sư đoàn trưởng binh chủng hợp thành, khóa học có 90 học viên, thời gian 2 năm.

Ngày 4 tháng 12 năm 1979, Bộ Quốc phòng ra Quyết định điều động Cục Điều lệnh thuộc Học viện Quân sự Cao cấp về trực thuộc Bộ Tổng Tham mưu.[6] Năm 1980, thực hiện Nghị quyết của Bộ chính trị và Thường vụ Quân ủy Trung ương, Học viện đã xây dựng đề án cải cách giáo dục, xây dựng đội ngũ cán bộ giảng dạy, nghiên cứu từ 10 đến 15 năm. Được sự ủy quyền của Bộ, ngày 18 tháng 10 năm 1980, Học viện tổ chức Hội nghị khoa học kỹ thuật quân sự toàn quân lần thứ nhất.

Ngày 28 tháng 5 năm 1981, Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 172/QĐ-BQP thành lập Viện Lịch sử quân sự Việt Nam trực thuộc Bộ Quốc phòng, trên cơ sở Ban Tổng kết kinh nghiệm chiến tranh và Phân viện Lịch sử thuộc Học viện Quân sự Cao cấp. Tổ chức của Học viện thường xuyên thay đổiː Năm 1978, hợp nhất với Viện Khoa học quân sự; cuối năm 1979 điều Cục Điều lệnh về Bộ Tổng Tham mưu và thành lập thêm Khoa Chiến lược, Khoa Lịch sử chiến tranh nghệ thuật quân sự, Ban nghiên cứu quân sự nước ngoài.[7]

Từ ngày 16 đến ngày 18 tháng 7 năm 1981, Đại hội đại biểu Đảng bộ Học viện tổ chức lần thứ 2. Ngày 26 tháng 12 năm 1981, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đã ra quyết định đổi tên Học viện Quân sự Cao cấp thành Học viện Quân sự Cấp cao trực thuộc Bộ Quốc phòng. Ngày 16 tháng 2 năm 1982, Hội đồng Bộ trưởng ký tên gọi và bậc học thuộc hệ thống các học viện, trường sĩ quan, trường đại học, cao đẳng quân sự trong quân đội; nhiệm vụ của Học viện Quân sự Cấp cao là đào tạo sĩ quan chỉ huy - tham mưu cấp chiến dịch, chiến lược.[8] Cũng từ thời gian này trở đi, tổ chức của Học viện có biến động lớn, Học viện được nâng cấp ngang hàng tương đương với Quân khu, Tổng cục; các cơ quan, các Khoa trực thuộc Học viện được nâng thành cấp Cục trực thuộc Học viện. Ngày 9 tháng 4 năm 1982, Học viện bàn giao Phân viện Thông tin khoa học quân sự thuộc Học viện về Trung tâm Thông tin khoa học và kỹ thuật quân sự trực thuộc Bộ Tổng Tham mưu và ngày 29 tháng 6 năm 1982, Học viện bàn giao Phòng Thuật ngữ quân sự về Cục Khoa học quân sự thuộc Bộ Tổng Tham mưu. Cùng thời gian này, Học viện gửi logo mẫu biểu trưng phù hiệu của Học viện lên Bộ Quốc phòng và được phê duyệt vào ngày 26 tháng 6 năm 1982.[9]

Ngày 1 tháng 3 năm 1983, Học viện khai giảng lớp Đào tạo Chỉ huy - tham mưu chiến dịch chiến lược Khóa 5, thời gian 2 năm rưỡi. Ngày 30 tháng 8 năm 1983, Học viện đã báo cáo lên Bộ thực hiện việc rút gọn biên chế tổ chức của Học viện từ 18 khoa xuống còn 12 khoa, các Cục rút xuống còn cấp Phòng. Ngày 10 tháng 11 năm 1983, Viện trưởng Học viện quyết định thành lập bộ phận biên soạn tài liệu Chiến dịch phòng ngự chiến lược và Chiến dịch phản công chiến lược.[10]

Ngày 1 tháng 8 năm 1985, Tổng Tham mưu trưởng ra Quyết định điều chỉnh cơ cấu tổ chức của Học viện Quân sự Cấp cao. Tách Khoa Quân chủng thành 3 khoa (gồm Khoa Không quân, Khoa Phòng không, Khoa Hải quân); tách Khoa Binh chủng thành 4 khoa (gồm Khoa Pháo binh, Khoa Công binh, Khoa Hóa học, Khoa Thông tin); tách Khoa Nghệ thuật Chiến dịch thành 3 khoa (gồm Khoa Nghệ thuật Chiến dịch, Khoa Chiến thuật, Khoa TTG). Như vậy, cơ cấu của Học viện có 19 Khoa và Bộ môn. Ngày 26 tháng 8 năm 1985, thành lập Đảng ủy Học viện Quân sự Cấp cao và chỉ định 11 đồng chí vào Đảng ủy Học viện.[11] Tháng 3 năm 1987, Học viện mở lớp đào tạo nghiên cứu sinh khoa học quân sự.

Ngày 23 tháng 1 năm 1990, Viện trưởng quyết định thành lập Hội đồng xét đề nghị Nhà nước tặng danh hiệu Nhà giáo nhân dân, Nhà giáo ưu tú, Hội đồng gồm 13 thành viên. Đến ngày 7 tháng 12 năm 1990, Học viện cũng thành lập Hội đồng xét chức danh khoa học giáo sư, phó giáo sư của Học viện gồm 23 thành viên.[12]

Ngày 15 tháng 5 năm 1992, tổ chức Học viện cụ thể gồmː Ban Giám đốc, 5 phòng, 3 ban, 18 khoa, 3 hệ học viên, tổng quân số là 555 người. Ngày 20 tháng 12 năm 1994, Chính phủ đã ban hành Nghị định về việc thành lập Học viện Quốc phòng trên cơ sở Học viện Quân sự Cấp cao. Ngày 7 tháng 11 năm 1995, Thủ trưởng Võ Văn Kiệt ký và ban hành Quyết định về Quy chế tổ chức và hoạt động của Học viện Quốc phòng.[13] Quy chế gồm 6 chương, 18 điều.

Ngày 19 tháng 10 năm 1999, Bộ Tổng Tham mưu ký quyết định về việc giải thể Khoa Phương pháp Tâm lý, Bộ môn Tâm lý thuộc Khoa Công tác đảng, Bộ môn Phương phấp thuộc Viện Khoa học; sáp nhập Khoa Chiến thuật vào Khoa Nghệ thuật chiến dịch thành Khoa Nghệ thuật chiến dịch; hợp nhất Khoa Phòng không và Khoa Không quân thành Khoa Phòng không - Không quân; thành lập Khoa Chỉ huy - Tham mưu, Khoa Tin học Ngoại ngữ.[14]

Ngày 18 tháng 7 năm 2003, Tổng Tham mưu trưởng Phùng Quang Thanh ký Quyết định về tổ chức biên chế của Học viện Quốc phòng. Như vậy tổ chức Học viện gồmː Ban Giám đốc, 9 cơ quan trực thuộc, 10 khoa giảng viên, 4 hệ quản lý[15]